Сюжет
Действие игры разворачивается в 2047 году, когда после 17-летнего перерыва Братство Нод внезапно начинает полномасштабные боевые действия. Взорвав орбитальную станцию «Филадельфия» и лишив GDI в одночасье всей верхушки командования, Братство Нод под предводительством своего харизматичного лидера Кейна начинает наступление на позиции GDI на всех фронтах.
Так начинается третья часть легендарной игры Command & Conquer. Тем временем тибериум продолжает распространяться, заражая все новые и новые области. Карта Земли разделена на зоны, различающиеся степенью пригодности к жизни. 20 % поверхности планеты — синие зоны. Это территории, которые были практически не подвержены воздействию тибериума и не пострадали от боевых действий. Здесь живут 20 % населения Земли, и эти зоны охраняются силами GDI. Желтые зоны, в которых проживает остальное население планеты, покрывают 50 % территории Земли. Эти районы значительно заражены тибериумом, сильно истощены непрерывными войнами последних времен, и активность Братства НОД в них велика. В жёлтых зонах, ещё не всё потеряно — есть возможность очистить зону от влияния тибериума, превратив её в синюю. Таким образом был очищен город Штутгарт. В красных зонах из-за высокой концентрации тибериума жизнь человека невозможна.
Из-за затишья последних лет интересы GDI стали постепенно сдвигаться из военных областей в экологию и способы борьбы с распространением тибериума. Недавние опыты показали что тибериум можно разрушать концентрированными звуковыми волнами. В будущем, это может позволить очистить даже красные зоны от этого вещества. GDI с помощью Тацита продолжают пытаться избавить мир от тиберия, но с другой стороны они нуждаются в нём, чтобы поддержать свою экономику. Борьба GDI с тибериумом может лишить Братство Нод получаемой из тибериума энергии и остановить их военное развитие. Кроме того у Кейна свои планы относительно тиберия — тибериумное оружие.
Фракции
Глобальный Совет Безопасности(ГСБ)(Global Defense Initiative - GDI)
Внутренняя структура и организация GDI напоминает крупномасштабную интеграцию всех основных армий современного мира в единую всемирную военную силу. GDI способна мгновенно перебросить огромные количества хорошо обученных и хорошо вооружённых солдат, которых поддерживают мощные наземная и воздушная техника в любую точку мира. Войска GDI используют превосходящую огневую мощь и броню, делая их более мощными, чем войска НОД в битве «лицом-к-лицу», но всё же являются более громоздкими и менее гибкими, чем Братство, постоянно пользующееся новыми разрабатываемыми способами партизанской войны и уникальными тибериумными технологиями. В 2047 году структура войск GDI была изменена, чтобы позволить децентрализованные операции на нескольких военных аренах одновременно. Они могут построить передовую базу на любом типе ландшафта. Войска поддерживает самая продвинутая сеть орбитальной артиллерии в истории. В игре юниты GDI мощнее один-на-один чем большинство аналогичных войск Братства НОД или Скриннов. Их сверхоружием остаётся ионная пушка, орбитальный спутник, способный разрушить целую вражескую базу одним выстрелом.
Братство НОД (Brotherhood of Nod)
Братство НОД — загадочное, тайное и высоко-военное Авраамическое общество с возможно древним возникновением, которое в современные времена начало проявлять совмещённые характеристики крупномасштабного религиозного движения, транснациональной корпорации и безграничной нации-государства, но не является одним из них в отдельности. Этим глобальным братством управляет загадочный человек известный только как Кейн, и влияние Братства на мир в конце концов привело к тому что НОД теперь является негласной сверхдержавой. Братство НОД представляет собой гибкую, неуловимую и культовую армию процветающую на синергии низкотехнологической партизанской войны и высоко-обученных войск оборудованных сверхсовременными устройствами связи и самыми продвинутыми оружейными системами, все из которых были выведены из уникального понимания Братства военных технологий основанных на тибериуме. Тактики НОД очень радикальны и выглядят более жестокими чем тактики GDI, чаще всего Нод действует не считаясь с жертвами. Их религиозное восхищение тибериумом также приводит к использованию опасных и токсичных веществ при любой возможности. Также, Братство полностью отвергает правила содержания военнопленных описанные в Женевской конвенции 1949, так как их врагом являются неверные, а следовательно не заслуживающие человеческих отношений. В игре, войска НОД обычно слабее войск GDI или Скринов в открытом бою, но могут использовать гибкие стратегии и совершенные тактики «из-за угла» чтобы управлять скоростью битвы. Их сверхоружием является ядерная ракета.
Скрины (Пришельцы)
Новая фракция в игре. Эти пришельцы известны только как Скрины, пришедшие собрать все залежи тибериума на Земле. Они оставались незаметны для землян, лишь один раз навещая землян Солнечной системы. Скрины являются подродом других инопланетян, которые откололись от общей расы. Будучи ещё колонией, скрины заразили множество планет тибериумом, дабы затем использовать их как огромные батарейки для своей машины войны. Тиберий, закончив своё созревание, превращался в жидкость и детонировал, что впоследствии и являлось знаком для скринов: массивный взрыв жидкого тибериума под главным храмом НОД, спровоцированный Кейном, призвал Скринов. Приблизившись к Земле, они удивлены присутствием вооружённого местного населения, борющимся с растущим тибериумом. Они начали массивную атаку на человеческие города, заставая GDI и Нод врасплох. Войска и здания Скринов имеют явно биомеханический и насекомоподобный вид и имеют несколько экономических и военных преимуществ, напрямую связанных с тиберием, включая способность ускорить рост этого вещества, хранить его в неограниченных количествах и использовать его, чтобы улучшить работоспособность их войск и оружия. Войска Скринов имеют мощнейший воздушный флот, включая достаточно многофункциональные истребители «Буревестник» (англ. Stormrider), артиллерийские корабли «Опустошитель» (англ. Devastator Warship) и универсальные корабли-авианосцы «Планетарный Штурмовик» (англ. Planetary Assault Carrier), способные генерировать местные ионные бури. Эта фракция также может создавать червоточины и мгновенно телепортировать войска в любую точку поля боя. Скрины также могут вызвать огромный Корабль-матку, имеющий сверхмощное Catalist Cannon, способное уничтожить любое здание под кораблём и создающее цепную реакцию, передающуюся на всё близнаходящееся. Таким образом, благодаря всего одному удачному выстрелу возможно разнести в щепки всю базу и даже больше. В игре их сверхоружие — «Генератор Искажения», создающий пространственно-временную дыру, которая засасывает всё вблизи в открытый космос.
Новый аддон
Выпущен аддон для игры — «Command & Conquer 3: Kane's Wrath» (русск. Ярость Кейна), в котором описано что происходило с Кейном в периоде с окончания Второй Тибериумной Войны до нескольких лет после Третьей. Также добавлен режим захвата мира. Доступны новые войска: ховертанк с излучателем звука, ховер-зенитка, пехота-киборги, бронетранспортёр для Нод, невидимая артиллерия и вертолёт для GDI. Хотя полной правды о возможном бессмертии лидера Нод не раскрыто, по крайней мере приподнята завеса этой тайны. Нод возрождает проект искусственного интеллекта и киборгизации войск, который был приостановлен после предательства CABAL’а.